基本的区别因素是大小和结构。肽比蛋白质小。
传统上，肽被定义为由2至50个氨基酸组成的分子，而蛋白质则由50个或更多氨基酸组成。肽在结构上的定义往往不如蛋白质，后者可以采用称为二级，三级和四级结构的复杂构象。在肽和蛋白质之间也可以进行功能区分。然而，肽可细分为具有很少氨基酸（例如2至20个）的寡肽和具有许多氨基酸的多肽。蛋白质由连接在一起的一种或多种多肽形成。因此，蛋白质本质上是非常大的肽。实际上，一些研究人员使用术语
=专门指寡肽或相对短的氨基酸链，术语多肽===== =用于描述蛋白质或50个或更多氨基酸的链。肽的分子结构-氨基酸序列
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